Marco Simoncelli a dominado la sesión clasificatoria para la parrilla de salida,y a conseguido la pole "la segunda del año",no a tenido caídas y parece que en agua va bien y a solucionado sus caídas de la parte delantera,al final de la sesión con el crono "a cero" pasaban por meta tanto Barbera como bautista que conseguían la segunda y tercera posición respectivamente...
En esta sesión tras la sesión de Moto Gp,aunque han habido caídas,han habido menos,el que mas se a caído "tres veces" a sido Mattia Pasini,quien tiene problemas económicos para poder asistir a próxima citas del Mundial. 
En mojado parece que uno de los pilotos mas fuertes es Simoncelli,y no solo por la pole,ya que durante buena parte de la sesión lograba los mejores tiempos,Bautista,Aoyama y Barbera,an conseguido sus registros en el ultimo suspiro,ya que a falta de 5 minutos iban muy retrasados de la octava a la decimocuarta posición.
No sabemos si la carrera será en mojado,parece que si,no obstante,sabemos que Bautista "al menos" estará delante luchando por la victoria.
Hacer alusión a tve "Ernest" el cual decía "cuando los pilotos Españoles iban retrasados y Simoncelli primero": "Ojalá mañana esté la maldición de la pole por que...",como siempre el toque Españolista que no falte,luego al meterse Barbera segundo y Bautista tercero acabo contento,así que a disfrutar de las motos,y a sufrir con este Ernest que ¡impone! su predilección por tres pilotos y desmerece la de todos los demás ante casi cinco millones de telespectadores.
sí queda la parrilla de salida de 250 cc:
1 58 Marco SIMONCELLI ITA Metis Gilera 1'32.962 233.614
2 40 Hector BARBERA SPA Pepe World 1'33.105 238.463 0.143
3 19 Alvaro BAUTISTA SPA Mapfre Aspar 1'34.246 235.294 1.284
4 4 Hiroshi AOYAMA JPN Scot Racing 1'34.285 233.311 1.323
5 17 Karel ABRAHAM CZE Cardion AB 1'34.312 232.458 1.350
6 75 Mattia PASINI ITA Team Toth Aprilia 1'34.333 236.479 1.371
7 6 Alex DEBON SPA Aeropuerto-Castello 1'34.632 233.261 1.670
8 55 Hector FAUBEL SPA Honda SAG Honda 1'34.660 229.885 1.698
9 41 Aleix ESPARGARO SPA Balatonring 1'34.718 232.458 1.756
10 63 Mike DI MEGLIO FRA Mapfre Aspar 1'34.804 231.560 1.842
11 12 Thomas LUTHI SWI Emmi - Caffe Latte 1'35.019 236.582 2.057
12 25 Alex BALDOLINI ITA WTR San Marino 1'35.355 229.007 2.393
13 52 Lukas PESEK CZE Auto Kelly - 1'35.427 232.058 2.465
14 15 Roberto LOCATELLI ITA Metis Gilera 1'35.637 231.461 2.675
-125cc-
Las posiciones de la parrilla en la categoría de 250cc se han determinado este sábado en función de los tiempos combinados de las sesiones libres, ya que la sesión clasificatoria se ha suspendido a causa de la abundante lluvia que ha caído esta tarde en la pista de Motegi...
Marco Simoncelli se ha adjudicado la pole position en su retorno completo a la competición tras el fallido intento de Qatar, donde no pudo tomar la salida a causa de la lesión en una muñeca. El piloto del Metis Gilera fue el más rápido el viernes por la tarde, la única disputada en seco. Su crono de ayer fue seis décimas de segundo más rápido que el de cualquiera de sus rivales.
“Es un modo extraño de hacer la pole, no me lo esperaba, pero está bien así . Estoy preocupado por la carrera, porque puedo completar pocas vueltas sin sentir dolor. Será difícil hacer las 23 vueltas previstas. Pero sólo en carrera podré saber cuál es mi condición física real”.
Hiroshi Aoyama también saldrá desde la primera fila sobre su Honda en la carrera de casa. La primera línea estará completada por Álvaro Bautista (Mapfre Aspar) y Mattia Pasini (Team Toth).
La segunda estará encabezada por el actual líder de la clasificación Héctor Barberá, con Raffaele de Rosa, Gabor Talmacsi y Mike di Meglio a su lado.
Andrea Iannone , el fuerte aguacero caído sobre el trazado japonés ha desembocado en la cancelación de la tanda clasificatoria y por tanto el italiano se ha adjudicado directamente la pole position, en aplicación del Reglamento del Campeonato del Mundo FIM 2009... 
Después de ganar su primera carrera en una carrera con dos mangas en China 2008 y, más recientemente, obtener la victoria en una prueba de cuatro vueltas en el GP inaugural de la temporada 2009 en Qatar, el piloto del Ongetta ISPA Team ha extraído de nuevo el máximo provecho de una meteorología adversa.
El procedimiento para decidir las posiciones en la parrilla en una situación como la que se ha dado este sábado es el de combinar los tiempos de la prácticas libres precedentes. Con todos los tiempos de la primera sesión del viernes más rápidos que la matinal del sábado – disputada en mojado- el mejor giro de Iannone -en 2´00.685- ha sido suficiente para brindarle su segunda pole en un Gran Premio.
El líder del Campeonato compartirá la primera línea con Julián Simón (Bancaja Aspar), el ganador de la edición 2008 Stefan Bradl y Esteve Rabat, (Blusens Aprilia) quien logra un puesto entre los cuatro mejores por primera vez en su carrera mundialista.
Nico Terol, Dominique Aegerter, Bradley Smith y Pol Espargaró compondrán la segunda línea del Gran Premio Polini de Japón.